De energie waarmee men in de Reiki-methode werkt, is volgens het verhaal overal aanwezig. Iedereen wordt ermee geboren en iedereen heeft het nodig. Tevens kan iedereen het toepassen, er is geen bijzonder bovennatuurlijk talent voor nodig. Problemen ontstaan volgens Usui indien de doorstroom van de energie in het lichaam is geblokkeerd, bijvoorbeeld door negatieve ervaringen in het verleden. Hierdoor kunnen lichamelijke en geestelijke problemen ontstaan. Deze theorie heeft overigens veel overeenkomsten met de psychotherapie zoals ontwikkeld door Sigmund Freud. Tijdens een behandeling legt de Reiki-therapeut de handen op verschillende plaatsen op het lichaam. Deze handelingen worden veelal intuïtief gedaan. Een andere methode is om energie op afstand naar de ontvanger te sturen. De therapeut is slechts een bemiddelaar/intermediair voor de energie, Reiki wordt gezien als kosmische energie, niet als persoonlijke energie (zoals bij de theorieën van Freud het geval is). Echter, de werkelijke werking van Reiki wordt verondersteld afkomstig te zijn door het aanroepen van Mantra’s. Het contact met de Mantra’s word verkregen door het aanroepen ervan tijdens de eerste inwijdingscursus dmv een ritueel met symbolen. Het verhaal met universele energie is dan ook een fabeltje dat vaak maar al te graag aangegrepen word om mensen over te halen om een Reiki behandeling te ondergaan of te beoefenen.